Sin duda resultará curioso y de interés para muchas personas el saber que las abruptas e imponentes montañas que hoy forman la Sierra Gorda, hace algunos millones de años no existían, pues simplemente formaban parte del lecho marino. Algún tiempo después, hace aproximadamente 50 millones de años la tectónica de placas produjo un poderoso plegamiento que levantó el fondo marino, originando la gran cadena montañosa de la Sierra Madre Oriental, que de manera general se puede definir como un enorme edificio de sedimentos marinos del Mesozoico. Es por ello que las rocas de esta sierra son principalmente de naturaleza calcárea, por lo que en muchas áreas de la reserva es característico encontrar la típica topografía cárstica compuesta por mogotes, picachos, dolinas (cuencas cerradas con drenaje interno) y multitud de sótanos, es decir cuevas verticales, de los que si bien un importante número ha sido ya explorado y cartografiado, sin duda sólo representa una pequeña fracción de los abismos que esconde la sierra. Esta variedad de formaciones han sido originadas básicamente por la disolución de la piedra caliza por efecto de la erosión física y química por la acción del agua.
Nuestra Sierra Gorda destaca incluso a nivel internacional en términos de las grandes verticales que guarda en su interior, pues los sótanos de Tilaco (649 metros de profundidad total) y el del Nogal (529 metros) sin duda son cimas magníficas e incluso más profundas por la sucesión de tiros verticales, pero que resultan modestas al lado de el Sótano del Barro. Esta es una extraordinaria formación geológica ubicada en el municipio de Arroyo Seco, dentro de los terrenos del ejido de Santa María Cocos. Esta cavidad se encuentra a una altura de 1,860 msnm, formada aproximadamente hace 1.5 millones de años por un proceso de disolución y fracturas, que dio origen a que se formara su gigantesca boca que alcanza los 420 metros en su eje mayor y 200 en el menor, una profundidad total de 455 metros y 410 de caída libre, lo que convierte su tiro en uno de los más grandes del mundo. Asimismo este sótano destaca por ser junto con la Cañada del Infiernillo, sitio de anidación de la colonia de guacamayas verdes (Ara militaris) de aproximadamente 40 parejas que se encuentra en la Sierra Gorda, que encuentran refugio en pequeñas cavidades horizontales en las paredes del sótano y de donde diariamente salen en busca de alimento, llegando a recorrer largas distancias en un solo día. La presencia de las guacamayas verdes fue razón fundamental para que con el decreto de creación de la reserva en 1997, el Sótano del Barro fuera designado como una zona núcleo de la misma, limitando con ello la entrada de espeleólogos a esta cavidad y el disturbio a estas aves, que se encuentran amenazadas en toda su área de distribución en la República Mexicana y fuera de ella. Buscando conocer a fondo la flora y fauna del sótano, que sólo había sido estudiada de manera somera, personal de la Universidad Autónoma de Querétaro bajo la dirección del Dr. Luis Hernández Sandoval, desarrolló el estudio “Biodiversidad del Sótano del Barro”, tanto dentro como en las inmediaciones del mismo, lo que arrojó interesantes resultados. Básicamente se encuentran en el exterior del mismo bosques de encino, encinar arbustivo y matorrales rosetófilos, en las paredes plantas rupícolas y en el fondo de la cavidad especies mas bien propias del bosque mesófilo o selvas medianas, por el clima que se forma en el fondo de la sima, incluyendo algunos árboles corpulentos. Fueron registradas 144 especies de plantas, 104 de animales, (54 insectos, 23 ácaros, 12 arácnidos, 3 especies de anfibios, 4 reptiles, seis aves y dos especies de mamíferos), además de estudiarse aspectos como el suelo, clima, temperatura y cantidad de luz al interior.
Debido a que el Sótano del Barro es una zona núcleo, se ha trabajado con los ejidatarios de Santa María Cocos para proteger y dar un manejo sustentable a esta cavidad que a su vez constituye un atractivo turístico de primer orden, por lo que ahora cuentan con un albergue rústico equipado donde ofrecen servicios de hospedaje, alimentación, guías y renta de caballos para acceder al sótano, por lo que extendemos una cordial invitación para que visiten este excepcional punto de la geografía queretana, a la vez que benefician a los comuneros que son custodios de dicha cavidad.