Dentro de la geografía del extremo norte del estado de Querétaro destaca la presencia de grandes cañones que cortan de tajo a la Sierra Madre Oriental, como lo son los de los ríos Moctezuma, Ayutla, Santa María y Tancuilín, que además de resultar impresionantes formaciones geológicas constituyen corredores biológicos de primer orden. Esto se debe a que generalmente son áreas bien conservadas y por lo tanto permiten el libre tránsito de especies de fauna, aparte que propician la entrada a la sierra de especies tropicales, de aves, mamíferos, reptiles, anfibios e inclusive de invertebrados. De especial riqueza biótica es la cañada del río Tancuilín, que sin duda tiene una valiosa función como reservorio de germoplasma por la extensiva devastación de los bosques mesófilos de montaña de la región de Agua Zarca y Río Verdito, en el municipio de Landa de Matamoros, que han quedado convertidos en su mayor parte en potreros, milpas y en el mejor de los casos manejados como cafetales de sombra. Sin embargo, en la profunda cañada por donde corre el río Tancuilín se encuentran relictos de bosques mesófilos y selvas medianas sub-perennifolias que van en un gradiente aproximado de los 500 msnm hasta los 1400 msnm, con una precipitación media de aproximadamente 1500 mm anuales.

En el estado de Querétaro los bosques mesófilos de montaña cubren una superficie aproximada de 54 km2, lo que representa menos del 0.5% de su territorio y se encuentra distribuido en los municipios de Jalpan de Serra, Pinal de Amoles y Landa de Matamoros (Zamudio et al, 1992). En el caso del municipio de Landa de Matamoros, donde se encuentra esta cañada la flora de los mismos está compuesta por 774 especies de plantas vasculares, pertenecientes a 130 familias y 465 géneros (Zamudio et al. 2002) y en la cañada del río Tancuilín están formados por diferentes asociaciones que van de los 600 hasta los 1500 msnm, formadas por especies como Aphanante monoica, Ulmus mexicana, Ficus pertusa, Persea americana, Quercus rysophylla, Zuelania guidonia, Quercus germana, Q. rysophylla, Q. affinis, Q. xalapensis, Q. sartorii, Lonchocarpus rugosus, Liquidambar styraciflua, Persea americana, Reevesia clarkii, Aphanante monoica, Inga huastecana, Robinsonella discolor, Sapindus saponaria y Senna racemosa entre muchas otras, acompañadas de árboles de menor talla y un denso estrato arbustivo y herbáceo. Asimismo las epífitas son abundantes, cubriendo las ramas de los árboles. Resulta de especial relevancia que las 774 especies de plantas presentes en los bosques mesófilos de este municipio representen el 25% de la riqueza florística estimada para este tipo de vegetación en México (Rzedowski, 1991). Entre las especies de fauna presentes destacan mamíferos como venado temazate (Mazama americana), martucho (Potos flavus), tuza real (Cuniculus paca), puercoespín tropical (Coendu mexicanus), viejo de monte (Eira barbara), tigrillo (Felis weidii), tejones (Nasua narica), mapache (Procyon lotor) y armadillo (Dasypus novemcinctus) entre otras. De aves se han registrado alrededor de 150 especies En los bosques de esta cañada se encuentran algunas especies relevantes como chivizcoyo (Dendrortyx barbatus), codorniz silbadora (Dactylortyx thoracicus), mulato (Melanotis caeulescens), tinamúes (Crypturellus cinnamomeus), ajol (Penelope purpurascens), halcón selvático mayor (Micrastur semitorquatus), oropéndola (Psarocolius montezumae) y tucaneta verde (Aulacorhynchus prasinus) entre otras, muchas de las cuáles son endémicas o cuentan con estatus de protección. La herpetofauna es un grupo poco estudiado en esta barranca, mas es de esperar una gran riqueza de especies de anfibios como ranitas arborícolas y salamandras, dada la alta humedad ambiental del área. De invertebrados el único grupo trabajado es el de las mariposas diurnas o lepidópteros, siendo esta cañada sin lugar a dudas la localidad más rica en especies del estado de Querétaro, de acuerdo a de la Maza (2004), con 469 especies de las 800 presentes en la Reserva de la Biosfera Sierra Gorda.